Analyse de données 'omiques - de l'expression des gènes à l'inférence de réseaux

Localisation :

LIPM, INRA, Toulouse

Durée prévue : 2,5 jours

Formateurs : N. Villa-Vialaneix (CR INRA, MIA-T, Toulouse), S. Déjean (IR, Univ Paul Sabatier, Toulouse), E. Delannoy (CR INRA, IPS2, Orsay), M-L Martin-Magniette (DR INRA, IPS2, Orsay)

Organisateurs : E. Delannoy (CR INRA, IPS2, Orsay), M-L Martin-Magniette (DR INRA, IPS2, Orsay)

Objectif de la formation

Cette formation s’adresse principalement à des scientifiques (chercheurs, enseignants-chercheurs, post-doctorants, doctorants, …) impliqués dans des projets de recherche faisant intervenir des données omiques. L’objectif de cette formation centrée sur les analyses statistiques est de présenter ce qu’il est possible de faire avec des données RNA-seq une fois le traitement bioinformatique réalisé.

Au terme de cette formation, les participants seront capables d’interagir avec les personnels des plateformes de séquençage, de faire des choix méthodologiques avisés, et d’analyser, au moins succinctement, des résultats issus d’expériences de RNA-seq.

Pré-requis

Notions de statistiques (moyenne, variance, tests d’hypothèse)

Matériel nécessaire

Une salle équipée d’un vidéoprojecteur, d’un paperboard ou d’un tableau

Programme de la formation

Une journée type sera organisée en 4 sessions :

• 9h-10h30 : Cours, première partie
• 10h30-11h : Pause (questions, discussions)
• 11h-12h30 : Cours, deuxième partie
• 12h30-14h : Repas
• 14h-15h30 : Cours, troisième partie
• 15h30-16h : Pause (questions, discussions)
• 16h-17h30 : Cours, quatrième partie

Journée 1 (26 avril)

S1 : Introduction de la formation et normalisation des données RNA-seq diaporama

S2 : L’analyse différentielle diaporama normalisation et diaporama analyse différentielle

S3, S4 : L’analyse de co-expression de gènes diaporama large scale co-expression et diaporama co-expression

Journée 2 (27 avril)

S1,S2 : Réseaux : quoi ? Pour quoi ? Comment ? diaporama

S3, S4 : Intégration de données omiques avec MixOmics diaporama

Journée 3 (28 avril)

S1 : Quelques principes essentiels de la planification expérimentale diaporama

S2 : Discussion libre sur l’ensemble de la formation et conclusions de la formation