Projects

Present projects

• PEPR Holobionts financé par l’ANR (2023/2027) : Les holobiontes animaux : une nouvelle échelle biologique pour explorer la diversité génétique et affiner les stratégies de sélection en agroécologie
  Coordinateurs : Jordi Estellé Fabrellas et Sylvie Combes (GABI, INRAE Jouy-en-Josas et GenPhySE, INRAE Toulouse)
• PEPR AgroDiv financé par l’ANR (2023/2027) : Caractérisation génomique et fonctionnelle de la diversité des plantes et animaux domestiques comme clé de voûte de l’agroécologie : du génome au phénotype
  Coordinateur : Jérôme Salse (GDEC, INRAE Clermont-Ferrand)
• Projet ChrocoNet financé par le métaprogramme INRAE DIGIT-BIO (2024/2024) : CHROmatin COnformation NETwork: collaboration interdisciplinaire pour la génomique 3D
  Coordinateur : Sylvain Foissac (GenPhySE, INRAE Toulouse)
• Projet PANORAMICS financé par l’ANR JCJC (2022/2025) : Statistical develoPments and ApplicatioN on Oxygenic photogRAnules for longitudinal Multi-omICS data
  Coordinateur : Rémi Servien (LBE, INRAE Narbonne)
• Projet MetaboWean financé par l’ANR JCJC (2022/2025) : Gut microbiota-derived metabolites: natural products to promote epithelial barrier maturation at the suckling-to-weaning transition
  Coordinateur : Martin Beaumont (GenPhySE, INRAE Toulouse)
• Projet SYMWAY financé par l’ANR Animal, plant and microorganism biology (2022/2025) : A new symbiotic pathway for rhizobial infection and nodulation in legumes
  Coordinateur : Jean-François Arrighi (LSTM, CIRAD)
• Projet PeerSim financé par le métaprogramme INRAE DIGIT-BIO (2021/2023) : Planification d’expériences pour l’Étude de la Réponse aux Stress-multiples et l’Intégration Multi-omique
  Coordinateur : Guillem Rigail (IPS2, INRAE Saclay)
• Projet Ddisc financé par le programme 80|Prime, CNRS (2021/2022) : Inférence post clustering pour données d’expression sur cellule unique
  Coordinateur : Pierre Neuvial (IMT, Toulouse)
• Projet COLOcATION financé par l’ANR JCJC (2021/ 2024) : Fetal maturity at the feto-maternal interface: COntribution of fetaL and maternal genOmes and tissue metAbolism perturbaTIONs
  Coordinatrice : Agnès Bonnet (GenPhySE, INRAE Toulouse)

Past projects

• Consortium PhenoDyn financé par le métaprogramme INRAE DIGIT-BIO (2021/2022) : Méthodes statistiques d’apprentissage pour des phénotypes dynamiques: points de rencontre entre animal, végétal, et microbiologie
  Coordinateur : Nicolas Verzelen (MISTEA, INRAE Montpellier)
• Projet ASTERICS financé par la Région Occitanie (2020/2023) : A Tool for the ExploRation and Integration of omiCS data.
  Coordinatrice de ce projet
• Projet METAhCOL financé par l’ANR Environnement et Cancer (2017/2022) : Impact of low doses mixtures of aromatic hydrocarbon on colon carcinogenesis process: focus on energy metabolism hallmark.
  Coordinatrice : Dominique Lagadic-Gossmann (IRSET, INSERM Rennes).
  Coordinatrice de l’équipe 5 (PF Biostatistique de Toulouse)
• Projet MAGICs financé par le département INRAe PHASE (2021) : Utilisation d’une approche transcriptomique à l’échelle cellulaire (CITE-seq) pour comprendre la maturation du système immunitaire de l’intestin lors de la transition alimentaire du sevrage
  Coordinatrice : Christelle Knudsen (GenPhySE, INRAe Toulouse)
• Projet EpiFun financé par le métaprogramme SelGen, INRA (2018/2020) : Systems biology for genomic selection
  Co-coordinatrice de ce projet avec Thomas Faraut (GenPhySE, INRA Toulouse)
• Projet A unified platform for missing values methods and workflows financé par R Consortium (2018/2020)
  Coordinateurs : Julie Josse (École Polytechnique de Paris) et Nicholas Tierney (Monash University, Melbourne, Australie)
• Projet Innovative solution for pig growth management through multi-omics analyses financé par l’appel INRA-NARO 2019
  Coordinateurs : Laurence Liaubet (GenPhySE, INRA) and Masaaki Taniguchi (AGU, NARO, Japon)
• Projet MILAGE financé par le métaprogramme MEM, INRA (2018/2019) : Microbiota of lamb genetically efficient
  Coordinatrice : Christel Marie-Etancelin (GeSPR, INRA Toulouse)
• Projet SuBPIG financé par le métaprogramme GISA, INRA (2018/2019) : Enhancing survival at birth in piglets
  Coordinatrice : Laurence Liaubet (GenPhySE, INRA Toulouse)
• Projet SingleCell financé par l’appel à propositions « Toulouse Tech Inter’Labs (2018/2019)
  Coordinatrice : Cathy Maugis-Rabusseau (Institut de Mathématiques de Toulouse)
• Projet SCALES financé par le projet « Osez l’interdisciplinarité », CNRS (2017/2019) : Inférence statistique multi-échelle et données-dépendante pour la génomique.
  Coordinateur : Pierre Neuvial (IMT, Université Toulouse III)
• Projet Fr-Agencode financé par le département GA de l’INRA (2015/2017) : Functional Annotation of ANimal Genomes.
  Coordinateurs : Sylvain Foissac (GenPhySE, INRA de Toulouse) et Elisabetta Giuffra (GABI, INRA de Jouy-En-Josas)
• Projet memRNAse financé par l’ANR Non Thématique 2013 (2014/2017) : Localisation membranaire de la RNase E : rôle dans la mâturation, la surveillance et la dégradation des ARNm.
  Coordinateur : Agamemnon Carpousis (LMGM, Université Toulouse III)
• Projet Apprentistique financé par le défi interdisciplinaire « Mastodons », CNRS (2017) : Outils statistiques pour l’évaluation des performances en classification et apprentissage sur des données imprécises.
  Coordinateur : Bart Lamiroy (Université de Nancy)
• Projet SUSoSTRESS financé par l’ANR BIOADAPT 2012 (2013/2016) : Génétique moléculaire de la réponse au stress et robustesse chez le Porc.
  Coordinateur : Pierre Mormède (GenPhySE, INRA de Toulouse)
• Projet PigHeat financé par l’ANR BIOADAPT 2012 (2013/2016) : Adaptation des porcs à la chaleur : la voie génétique.
  Coordinateur : David Renaudeau (UZR, INRA Antilles-Guyane)
• Projet Internet 3D financé par le département GA de l’INRA (2014) : Réseau de gènes co-exprimés et Interactions géniques nucléaires.
  Coordinatrice : Yvette Lahbib-Mansais (GenPhySE, INRA de Toulouse)
• Projet financé par EDF (nov 2013/janv2014) : Création d’une interface shiny pour l’analyse de modèles méchanistes. Coordinatrice de ce projet
• Projet ModULand financé par l’ANR Non Thématique 2011 (2012/2015) : Usage des sols : modèles, dynamique et décisions.
  Coordinatrice : Christine Thomas-Agnan (Toulouse School of Economics, France)
• Projet SocLab-Stat financé par la MSH de Toulouse (2012) : Développement de méthodes d’analyse statistique de sortie d’un modèle de simulations agent.
  Coordinateur : Christophe Sibertin Blanc (IRIT, Université Toulouse 1)
• Projet financé par le PEPII 2011 du CNRS (2012/2013) : Couplage de Méthodes et Modèles pour la Biologie Intégrative.
  Coordinateur : Marc Bailly-Bechet (Laboratoire de Biométrie et Biologie Évolutive, Université Lyon 1)
• Projet IMRIT financé par FREMIT (Institut Fédératif de Recherche de Mathématiques et Informatique de Toulouse) (2007/2010) : Comparaison de graphes et visualisation d’évolution. Coordinatrice de ce projet
• Projet financé par le Central Institut for Meteorology and Geodynamics (Vienne, Autriche) pour le compte d’EUMETSAT (sept 2006/dec 2007) : Refonte de l’algorithme de discrimination PGE11.
  Coordinatrice : Anne Ruiz-Gazen (Toulouse School of Economics, France)
• Projet Graphes-Comp financé par l’ANR Non Thématique 2005 (2006/2008) : Comparaison de grands graphes : Application à la recherche de réseaux de sociabilités paysannes au Moyen-Age.
  Coordinateur : Bertrand Jouve (Université Toulouse 2, Jean Jaurès, France)
• Projet M05AH4 financé par ECOS-Nord Mexique] (2005/2009) : Modélisations prospectives de l’occupation du sol par approches géomatique et statistique.
  Coordinateurs : Martin Paegelow (Université Toulouse 2, Jean Jaurès, France), Jean-François Mas (Institut de Géographie, Université Nationale Autonome du Mexique, Mexique)
• Projet BIA2003-01499 financé par la FEDER (2004/2006) : Sistemas de Información Geográfica y modelización de la dinámica paisajística de la montaña mediterránea : Sierra Nevada y Pirineos Orientales franceses.
  Coordinatrice : Maria Teresa Camacho-Olmedo (Université de Grenade, Espagne)
• Programme PEVS (2001/2003) : Dynamique et modélisation d’anthroposystèmes montagnards méditerranéens : réchauffement climatique et scenarii environnementaux (programme piloté par le comité scientifique MOdélisation, Transfert d’Informations, Valorisation pour l’Environnement du CNRS).
  Coordinateur : Martin Paegelow (Université Toulouse 2, Jean Jaurès, France)