Biopuces

Les séances du groupe de travail biopuces ont lieu généralement le jeudi à 9h30 en salle RDC de l’accueil du centre INRAE, Auzeville. Le groupe de travail est animé par Laurence Liaubet (GenPhySE) et Nathalie Vialaneix (MIAT) après avoir été créé et animé à la perfection, pendant de longues années, par Magali San Cristobal.

Pour s’inscrire / se désinscrire de la liste de diffusion, il suffit d’envoyer un email à nathalie.vialaneix[AT]inrae.fr ou de s’inscrire directement sur la liste renater.

À venir

• 9 septembre 2021 : Bertrand Servin Une nouvelle approche du FDR pour le test et l’estimation des effets dans les études pangénomiques (revue de lecture sur cet article lié au package R ashr) salle de réunion RDC bâtiment C8 (IMABS / MIAT) et/ou visio

• 14 octobre 2021 : Laurence Liaubet Peut-on prédire (ou pas) des phénotypes néonataux à l’aide de données moléculaires ? Données RMN, modèle porc, dispositif TRÈS déséquilibré - salle de réunion 111 bâtiment E GenPhySE et/ou visio

• 18 novembre 2021 : Nicolas Enjalbert-Courrech IIDEA: Interactive Inference for Differential Expression Analyses - exclusivement en visio

• 2 décembre 2021 : Bertrand Servin Suite de l’exposé sur « Une nouvelle approche du FDR pour le test et l’estimation des effets dans les études pangénomiques »

• 13 janvier 2022 : Marie Perrot-Dockees (titre à venir)

2020/2021

• 17 septembre 2020 : Sarah Djebali Identification of enhancer/gene (E/G) relationships: state-of-the-art methods - salle 131 bâtiment des SDAR + visio à https://us02web.zoom.us/j/83431782740 (mot de passe envoyé par email ou à me demander).

• 1er octobre 2020 : Andreea Dréau et Matthias Zytnicki Contig error correction based on linked reads & Methods for hybrid assembly - salle 131 du bâtiment des SDAR + visio à https://us02web.zoom.us/j/81691579611 (mot de passe envoyé par email ou à me demander).

• 19 novembre 2020 : Guillermo Martinez-Boggio Compositional data approach applied to microbiome data

• 17 décembre 2020 : Nicolas Enjalbert-Courrech Développement d’une application Shiny pour l’exploitation de résultats de classification non supervisée pour des données single-cell RNA-seq

• 7 janvier 2021 : Cervin Guyomar MinYS: targeted genome assembly in symbiotic communities

• 4 février 2021 : Sandra Plancade Missing values in sparse proteomics data - résumé

• 25 mars 2021 : Magali Champion Multi-omics data integration and deregulation mechanisms in cancer - résumé

• 1er avril 2021 : Marie Tremblay-Franco et Cécile Canlet BARSA: an algorithm for BidimensionAL nmR Spectra Annotation

• 6 mai 2021 : Sergei Sokol IsoSolve : un cadre d’intégration des mesures RMN/MS pour améliorer la couverture isotopique et consolider les données

• 10 juin 2021 : Hervé Acloque et Adrien Dufour Prédiction des états de pluripotence cellulaire par des données multi-omics unicellulaire chez le porc

• 1 juillet 2021 : Nathalie Vialaneix et Valentine Rossi ASTERICS et cas d’étude sur la mortalité périnatale

2019/2020

• 26 septembre 2019 : Fanny Mathevet Intégration de données omiques pour l’étude de l’impact des contaminants alimentaires sur le métabolisme et le développement de cancers
  

• 10 octobre 2019 : Alain Paris Analyse métabolomique d’anomalies endocriniennes chez des sportifs. Modélisation longitudinale des trajectoires métaboliques

• 14 novembre 2019 : Tom Rohmer Présentation de projets de recherche et questions ouvertes autour de données de DAC et de l’analyse de phénotype haut-débit. Digression sur l’outil statistique copules

• 12 décembre 2019 : Bertrand Servin (potentiellement secondé de Nathalie Vialaneix) Journal club sur la relation entre effets génétiques dans les réseaux de co-expression de gènes et variabilité phénotypique. article 1 et article 2 - présentation Nathalie and présentation Bertrand

• 9 janvier 2020 : Léa Boyrie Towards a network approach to detect genome-wide signature of gene coadaptation using SNP data

• 6 février 2020 : Sandrine Laguerre Simulations de données pour calculer le temps de demi-vie des ARNm

• 26 février 2020 : Pierrelee Michael TimeNexus identifies dynamic pathways from gene expression time-series using temporal networks

• 26 mars 2020 : séance annulée

• 26 avril 2020 : séance annulée

• 4 juin 2020 : séance annulée

2018/2019

• 13 septembre 2018 : Martin Beaumont Stratégies de mise en évidence de métabolites associés à un phénotype d’intérêt à partir de spectres RMN

• 8 novembre 2018 : Carine Genet Intégration de données phénomiques et transcriptomiques ovines avec mixOmics

• 29 novembre 2018 : Gaëlle Lefort ASICS: un package R pour l’identification et la quantification de métabolites dans un spectre RMN 1H

• 20 décembre 2018 : Cécile Apert IL-2 and IL-15 shape Treg development in the thymus

• 17 janvier 2019 : Nathalie Vialaneix Une courte introduction à l’analyse statistique de données single-cell

• 14 février 2019 : Matthias Zytnicki Expression différentielle des petits ARNs à partir de données RNAseq

• 21 mars 2019 : Allan Bertide Prédiction d’un caractère binaire (malade/non malade) à partir de données de métagénomique 16S

• 11 avril 2019 : Laurent Cauquil Une présentation du package R Metacoder pour l’analyse de phylogénies

• 16 mai 2019 : Raphaël Mourad Computational identification of 3D genome determinants using regression models

• 20 juin 2019 : Cyril Kurylo Détection de compartiments génomiques à partir de données Hi-C et Camille Guilmineau Analyse des données metabolomiques du projet SubPig

2017/2018

• 28 septembre 2017 : Sylvain Foissac Annotation fonctionnelle des génomes d’animaux d’élevage : intégration de données dans le cadre du projet Fr-Agencode

• 19 octobre 2017 : Maria Marti-Marimon Characterization of 3D genomic interactions in fetal pig muscle

• 7 décembre 2017 : Matthias Zytnicki Méthodes de quantifications de (s)RNA-Seq prenant en compte les lectures s’alignant sur plusieurs loci

• 14 décembre 2017 : Elias Salem (et Gilles Meyer) Étude du pathobiome respiratoire chez les jeunes bovins atteints de bronchopneumonie infectieuse

• exceptionnellement un lundi à 14h 22 février 2018 : Leila Khajavi Transcriptional regulation of narcolepsy

• 01 février 2018 : Guillaume Devailly Marques épigénétiques et diversité des transcrits chez l’humain

• 15 mars 2018 exceptionnellement à 14h : Laurent Cauquil & Sylvie Combes Normalisation des données de composition de communauté microbienne à partir de table d’abondance taxonomique issu de séquençage d’amplicons ADNr16S

• 12 avril 2018 : Pierre-Damien Denechaud Unraveling the circadian kinome in liver physiology and diseases

• 17 mai 2018 : Annie Robic ARN circulaires (caractérisation dans le testicule porcin) et recherche de liens avec la quantité d’androsténone accumulée dans le gras (analyses de corrélation multiples)

• 14 juin 2018 : Camille Mestre Identification de relations enhancer/gène dans les génomes animaux

2016/2017

• 6 octobre 2016 : Valentin Barquissau Expression de marqueurs des différents types d’adipocytes dans le tissu adipeux humain en relation avec les changements de paramètres métaboliques au cours d’une intervention diététique

• 24 novembre 2016 : Gaëlle Lefort Analyse de données métabolomiques chez le porc dans le cadre du projet SusOStress

• 15 décembre 2016 : Sarah Djebali Liens enhancer-gene spécifiques d’un type cellulaire chez l’homme

• 19 janvier 2017 : Laurent Cauquil Lecture collective de l’article « Impact of outdated gene annotations on pathway enrichment analysis »

• 2 février 2017 : Carine Genet Analyses RNAseq et spécificité de deux modèles biologiques : de la truite à la brebis

• 23 mars 2017 : Jérôme Mariette Integrating TARA oceans datasets using multiple kernel learning

• 20 avril 2017 : Olivier Chapleur Identification d’indicateurs microbiens de l’inhibition de la digestion anaérobie

• 18 mai 2017 : Myriam Badawi Élucider les mécanismes de dégradation de la lignocellulose par des consortia microbiens

• 15 juin 2017 : Kevin Gillois et Thibaut Guignard Analyse du transcriptome du tissu adipeux

2015/2016

• 8 octobre 2015 : Valérie Sautron Time course study of clinical and trancriptomic data in response to LPS injection in pigs

• 5 novembre 2015 : Jennyfer Bolton Transcriptome analysis in the DiOGenes project

• 3 décembre 2015 : Ignacio Gonzales Gestion des individus manquants en intégration de données ‘omiques: imputation multiple dans le cadre de l’AFM

• 7 janvier 2016 : Maria Marti Analyse de données Hi-C

• 4 février 2016 : Thomas Faraut et Annie Robic Analyse de données Total-RNAseq

• 10 mars 2016 : Laurent Cauquil et Sylvie Combes Coprophagie et système immunitaire - analyse d’une puce d’expression lapin, 1re résultats

• 7 avril 2016 : Sébastien Déjean “Like families, tidy datasets are all alike but every messy dataset is messy in its own way” (H. Wickham, J. Stat. Soft, 2014)

• 12 mai 2016 : Marjorie Mersch et Frédérique Pitel Analyses de méthylation tout génome par séquençage haut-débit dans l’embryon de poule

• 9 juin 2016 : Juliette Bouvier-Muller Conséquences d’une restriction énergétique et d’un challenge inflammatoire sur l’expression des cellules sanguines de brebis laitières

• 30 juin 2016 : Camille Champion Analyse de données métabolomiques dans le cadre du projet PigHeat