library("RColorBrewer")
library("car")
## Loading required package: carData
library("scales")

Data importation

Data are given as a CSV file HNP_2019Data.csv. They contain the Health Nutrition and Population Statistics database that is hosted by the World Bank Group and provides various key indicators related to health issues, population dynamics and nutrition. The data have been gathered from 258 countries and the current dataset is restricted to the year 2019. It comes from https://datacatalog.worldbank.org/dataset/health-nutrition-and-population-statistics

The first columns contain country and country code and the following columns provide indicators related to the current country as measured in 2019. The meaning of the different columns is provided in a separated spreedsheet HNP_StatsSeries.xlsx.

Even though CSV files can be opened with Excel, we strongly discourage this practice and we will use R directly for this task:

hnp_data <- read.table("HNP_2019Data.csv", sep = ",", header = TRUE,
                       stringsAsFactors = FALSE)

where: * sep is used to provide the character separating columns; * header = TRUE indicates that column names are includings in the file (in the first row); * stringsAsFactor = FALSE indicates that strings must not be converted to type factor (this is the default behavior since R 4.0.0).

Other information and options are available in the help page ?read.table or in ?read.csv, ?read.csv2, ?read.delim, ?read.delim2.

We can take a first look at the data with:

head(hnp_data)
##                                  Country.Name Country.Code SP.ADO.TFRT
## 1                                  Arab World          ARB          NA
## 2                      Caribbean small states          CSS          NA
## 3              Central Europe and the Baltics          CEB          NA
## 4                  Early-demographic dividend          EAR          NA
## 5                         East Asia & Pacific          EAS          NA
## 6 East Asia & Pacific (excluding high income)          EAP          NA
##   SH.HIV.TOTL SH.HIV.INCD.TL SH.DYN.AIDS SH.HIV.INCD SP.DYN.SMAM.FE
## 1          NA             NA          NA          NA             NA
## 2          NA             NA          NA          NA             NA
## 3          NA             NA          NA          NA             NA
## 4          NA             NA          NA          NA             NA
## 5          NA             NA          NA          NA             NA
## 6          NA             NA          NA          NA             NA
##   SP.DYN.SMAM.MA SP.POP.DPND SP.POP.DPND.OL SP.POP.DPND.YG SP.POP.AG00.FE.IN
## 1             NA    61.08180       7.432003       52.12709                NA
## 2             NA    48.15854      13.329092       34.76142                NA
## 3             NA    51.99869      28.799254       23.15305                NA
## 4             NA    53.15051       9.118569       43.63640                NA
## 5             NA    44.87090      16.159883       28.39655                NA
## 6             NA    43.59206      14.248537       29.22363                NA
##   SP.POP.AG00.MA.IN SP.POP.AG01.FE.IN SP.POP.AG01.MA.IN SP.POP.AG02.FE.IN
## 1                NA                NA                NA                NA
## 2                NA                NA                NA                NA
## 3                NA                NA                NA                NA
## 4                NA                NA                NA                NA
## 5                NA                NA                NA                NA
## 6                NA                NA                NA                NA
##   SP.POP.AG02.MA.IN SP.POP.AG03.FE.IN SP.POP.AG03.MA.IN SP.POP.AG04.FE.IN
## 1                NA                NA                NA                NA
## 2                NA                NA                NA                NA
## 3                NA                NA                NA                NA
## 4                NA                NA                NA                NA
## 5                NA                NA                NA                NA
## 6                NA                NA                NA                NA
##   SP.POP.AG04.MA.IN SP.POP.AG05.FE.IN SP.POP.AG05.MA.IN SP.POP.AG06.FE.IN
## 1                NA                NA                NA                NA
## 2                NA                NA                NA                NA
## 3                NA                NA                NA                NA
## 4                NA                NA                NA                NA
## 5                NA                NA                NA                NA
## 6                NA                NA                NA                NA
##   SP.POP.AG06.MA.IN SP.POP.AG07.FE.IN SP.POP.AG07.MA.IN SP.POP.AG08.FE.IN
## 1                NA                NA                NA                NA
## 2                NA                NA                NA                NA
## 3                NA                NA                NA                NA
## 4                NA                NA                NA                NA
## 5                NA                NA                NA                NA
## 6                NA                NA                NA                NA
##   SP.POP.AG08.MA.IN SP.POP.AG09.FE.IN SP.POP.AG09.MA.IN SP.POP.AG10.FE.IN
## 1                NA                NA                NA                NA
## 2                NA                NA                NA                NA
## 3                NA                NA                NA                NA
## 4                NA                NA                NA                NA
## 5                NA                NA                NA                NA
## 6                NA                NA                NA                NA
##   SP.POP.AG10.MA.IN SP.POP.AG11.FE.IN SP.POP.AG11.MA.IN SP.POP.AG12.FE.IN
## 1                NA                NA                NA                NA
## 2                NA                NA                NA                NA
## 3                NA                NA                NA                NA
## 4                NA                NA                NA                NA
## 5                NA                NA                NA                NA
## 6                NA                NA                NA                NA
##   SP.POP.AG12.MA.IN SP.POP.AG13.FE.IN SP.POP.AG13.MA.IN SP.POP.AG14.FE.IN
## 1                NA                NA                NA                NA
## 2                NA                NA                NA                NA
## 3                NA                NA                NA                NA
## 4                NA                NA                NA                NA
## 5                NA                NA                NA                NA
## 6                NA                NA                NA                NA
##   SP.POP.AG14.MA.IN SP.POP.AG15.FE.IN SP.POP.AG15.MA.IN SP.POP.AG16.FE.IN
## 1                NA                NA                NA                NA
## 2                NA                NA                NA                NA
## 3                NA                NA                NA                NA
## 4                NA                NA                NA                NA
## 5                NA                NA                NA                NA
## 6                NA                NA                NA                NA
##   SP.POP.AG16.MA.IN SP.POP.AG17.FE.IN SP.POP.AG17.MA.IN SP.POP.AG18.FE.IN
## 1                NA                NA                NA                NA
## 2                NA                NA                NA                NA
## 3                NA                NA                NA                NA
## 4                NA                NA                NA                NA
## 5                NA                NA                NA                NA
## 6                NA                NA                NA                NA
##   SP.POP.AG18.MA.IN SP.POP.AG19.FE.IN SP.POP.AG19.MA.IN SP.POP.AG20.FE.IN
## 1                NA                NA                NA                NA
## 2                NA                NA                NA                NA
## 3                NA                NA                NA                NA
## 4                NA                NA                NA                NA
## 5                NA                NA                NA                NA
## 6                NA                NA                NA                NA
##   SP.POP.AG20.MA.IN SP.POP.AG21.FE.IN SP.POP.AG21.MA.IN SP.POP.AG22.FE.IN
## 1                NA                NA                NA                NA
## 2                NA                NA                NA                NA
## 3                NA                NA                NA                NA
## 4                NA                NA                NA                NA
## 5                NA                NA                NA                NA
## 6                NA                NA                NA                NA
##   SP.POP.AG22.MA.IN SP.POP.AG23.FE.IN SP.POP.AG23.MA.IN SP.POP.AG24.FE.IN
## 1                NA                NA                NA                NA
## 2                NA                NA                NA                NA
## 3                NA                NA                NA                NA
## 4                NA                NA                NA                NA
## 5                NA                NA                NA                NA
## 6                NA                NA                NA                NA
##   SP.POP.AG24.MA.IN SP.POP.AG25.FE.IN SP.POP.AG25.MA.IN SH.DYN.AIDS.DH
## 1                NA                NA                NA             NA
## 2                NA                NA                NA             NA
## 3                NA                NA                NA             NA
## 4                NA                NA                NA             NA
## 5                NA                NA                NA             NA
## 6                NA                NA                NA             NA
##   SH.HIV.ARTC.ZS SH.HIV.PMTC.ZS SH.STA.ARIC.ZS SP.DYN.CBRT.IN SH.STA.BRTC.ZS
## 1             NA             NA             NA             NA             NA
## 2             NA             NA             NA             NA             NA
## 3             NA             NA             NA             NA             NA
## 4             NA             NA             NA             NA             NA
## 5             NA             NA             NA             NA             NA
## 6             NA             NA             NA             NA             NA
##   SH.XPD.KHEX.GD.ZS SH.DTH.COMM.ZS SH.DTH.INJR.ZS SH.DTH.NCOM.ZS SH.HIV.0014
## 1                NA             NA             NA             NA          NA
## 2                NA             NA             NA             NA          NA
## 3                NA             NA             NA             NA          NA
## 4                NA             NA             NA             NA          NA
## 5                NA             NA             NA             NA          NA
## 6                NA             NA             NA             NA          NA
##   SH.HIV.INCD.14 SH.HIV.ORPH SH.MLR.TRET.ZS SH.MED.CMHW.P3 SP.REG.BRTH.ZS
## 1             NA          NA             NA             NA             NA
## 2             NA          NA             NA             NA             NA
## 3             NA          NA             NA             NA             NA
## 4             NA          NA             NA             NA             NA
## 5             NA          NA             NA             NA             NA
## 6             NA          NA             NA             NA             NA
##   SP.REG.BRTH.FE.ZS SP.REG.BRTH.MA.ZS SP.REG.BRTH.RU.ZS SP.REG.BRTH.UR.ZS
## 1                NA                NA                NA                NA
## 2                NA                NA                NA                NA
## 3                NA                NA                NA                NA
## 4                NA                NA                NA                NA
## 5                NA                NA                NA                NA
## 6                NA                NA                NA                NA
##   SP.REG.DTHS.ZS SH.HIV.1524.KW.FE.ZS SH.HIV.1524.KW.MA.ZS SH.HIV.KNOW.FE.ZS
## 1             NA                   NA                   NA                NA
## 2             NA                   NA                   NA                NA
## 3             NA                   NA                   NA                NA
## 4             NA                   NA                   NA                NA
## 5             NA                   NA                   NA                NA
## 6             NA                   NA                   NA                NA
##   SH.HIV.KNOW.MA.ZS SH.CON.AIDS.FE.ZS SH.CON.AIDS.MA.ZS SH.CON.1524.FE.ZS
## 1                NA                NA                NA                NA
## 2                NA                NA                NA                NA
## 3                NA                NA                NA                NA
## 4                NA                NA                NA                NA
## 5                NA                NA                NA                NA
## 6                NA                NA                NA                NA
##   SH.CON.1524.MA.ZS SN.ITK.SALT.ZS SP.DYN.CONU.ZS SP.DYN.CONM.ZS
## 1                NA             NA             NA             NA
## 2                NA             NA             NA             NA
## 3                NA             NA             NA             NA
## 4                NA             NA             NA             NA
## 5                NA             NA             NA             NA
## 6                NA             NA             NA             NA
##   SH.XPD.CHEX.GD.ZS SH.XPD.CHEX.PC.CD SH.XPD.CHEX.PP.CD SP.DYN.CDRT.IN
## 1                NA                NA                NA             NA
## 2                NA                NA                NA             NA
## 3                NA                NA                NA             NA
## 4                NA                NA                NA             NA
## 5                NA                NA                NA             NA
## 6                NA                NA                NA             NA
##   SH.FPL.SATI.ZS SH.FPL.SATM.ZS SH.STA.DIAB.ZS SH.STA.ORCF.ZS SH.STA.ORTH
## 1             NA             NA      12.536001             NA          NA
## 2             NA             NA      11.629347             NA          NA
## 3             NA             NA       6.296002             NA          NA
## 4             NA             NA      10.090910             NA          NA
## 5             NA             NA       8.202608             NA          NA
## 6             NA             NA       8.488062             NA          NA
##   SH.XPD.GHED.CH.ZS SH.XPD.GHED.GD.ZS SH.XPD.GHED.GE.ZS SH.XPD.GHED.PC.CD
## 1                NA                NA                NA                NA
## 2                NA                NA                NA                NA
## 3                NA                NA                NA                NA
## 4                NA                NA                NA                NA
## 5                NA                NA                NA                NA
## 6                NA                NA                NA                NA
##   SH.XPD.GHED.PP.CD SH.XPD.PVTD.CH.ZS SH.XPD.PVTD.PC.CD SH.XPD.PVTD.PP.CD
## 1                NA                NA                NA                NA
## 2                NA                NA                NA                NA
## 3                NA                NA                NA                NA
## 4                NA                NA                NA                NA
## 5                NA                NA                NA                NA
## 6                NA                NA                NA                NA
##   SH.STA.BFED.ZS SH.XPD.EHEX.CH.ZS SH.XPD.EHEX.EH.ZS SH.XPD.EHEX.PC.CD
## 1             NA                NA                NA                NA
## 2             NA                NA                NA                NA
## 3             NA                NA                NA                NA
## 4             NA                NA                NA                NA
## 5             NA                NA                NA                NA
## 6             NA                NA                NA                NA
##   SH.XPD.EHEX.PP.CD SP.HOU.FEMA.ZS SP.DYN.TFRT.IN NY.GNP.PCAP.CD SH.MED.BEDS.ZS
## 1                NA             NA             NA       6502.415             NA
## 2                NA             NA             NA       9804.796             NA
## 3                NA             NA             NA      15796.772             NA
## 4                NA             NA             NA       3645.529             NA
## 5                NA             NA             NA      11725.701             NA
## 6                NA             NA             NA       8299.220             NA
##   HD.HCI.OVRL HD.HCI.OVRL.FE HD.HCI.OVRL.LB.FE HD.HCI.OVRL.UB.FE HD.HCI.OVRL.LB
## 1          NA             NA                NA                NA             NA
## 2          NA             NA                NA                NA             NA
## 3          NA             NA                NA                NA             NA
## 4          NA             NA                NA                NA             NA
## 5          NA             NA                NA                NA             NA
## 6          NA             NA                NA                NA             NA
##   HD.HCI.OVRL.MA HD.HCI.OVRL.LB.MA HD.HCI.OVRL.UB.MA HD.HCI.OVRL.UB SH.IMM.IBCG
## 1             NA                NA                NA             NA          NA
## 2             NA                NA                NA             NA          NA
## 3             NA                NA                NA             NA          NA
## 4             NA                NA                NA             NA          NA
## 5             NA                NA                NA             NA          NA
## 6             NA                NA                NA             NA          NA
##   SH.IMM.IDPT SH.IMM.HEPB SH.IMM.HIB3 SH.IMM.MEAS SH.IMM.POL3 SH.HIV.INCD.ZS
## 1          NA          NA          NA          NA          NA             NA
## 2          NA          NA          NA          NA          NA             NA
## 3          NA          NA          NA          NA          NA             NA
## 4          NA          NA          NA          NA          NA             NA
## 5          NA          NA          NA          NA          NA             NA
## 6          NA          NA          NA          NA          NA             NA
##   SH.MLR.INCD.P3 SH.TBS.INCD SH.UHC.NOP1.ZG SH.UHC.NOP1.CG SH.UHC.NOP2.ZG
## 1             NA          NA             NA             NA             NA
## 2             NA          NA             NA             NA             NA
## 3             NA          NA             NA             NA             NA
## 4             NA          NA             NA             NA             NA
## 5             NA          NA             NA             NA             NA
## 6             NA          NA             NA             NA             NA
##   SH.UHC.NOP2.CG SH.STA.IYCF.ZS SH.MLR.IPTP.ZS SL.TLF.TOTL.FE.ZS SL.TLF.TOTL.IN
## 1             NA             NA             NA          20.71772      138180908
## 2             NA             NA             NA          43.93480        3406886
## 3             NA             NA             NA          44.99905       49355626
## 4             NA             NA             NA          29.81833     1303740803
## 5             NA             NA             NA          43.32029     1265785108
## 6             NA             NA             NA          43.23804     1132518723
##   SP.DYN.LE00.FE.IN SP.DYN.LE00.MA.IN SP.DYN.LE00.IN SH.MMR.RISK.ZS SH.MMR.RISK
## 1                NA                NA             NA             NA          NA
## 2                NA                NA             NA             NA          NA
## 3                NA                NA             NA             NA          NA
## 4                NA                NA             NA             NA          NA
## 5                NA                NA             NA             NA          NA
## 6                NA                NA             NA             NA          NA
##   SE.ADT.LITR.FE.ZS SE.ADT.LITR.MA.ZS SE.ADT.LITR.ZS SE.ADT.1524.LT.MA.ZS
## 1                NA                NA             NA                   NA
## 2                NA                NA             NA                   NA
## 3                NA                NA             NA                   NA
## 4                NA                NA             NA                   NA
## 5                NA                NA             NA                   NA
## 6                NA                NA             NA                   NA
##   SE.ADT.1524.LT.ZS SH.STA.BRTW.ZS SH.STA.MALR SH.STA.STNT.ZS SH.STA.STNT.FE.ZS
## 1                NA             NA          NA             NA                NA
## 2                NA             NA          NA             NA                NA
## 3                NA             NA          NA             NA                NA
## 4                NA             NA          NA             NA                NA
## 5                NA             NA          NA             11                NA
## 6                NA             NA          NA             NA                NA
##   SH.STA.STNT.MA.ZS SH.STA.MALN.ZS SH.STA.MALN.FE.ZS SH.STA.MALN.MA.ZS
## 1                NA             NA                NA                NA
## 2                NA             NA                NA                NA
## 3                NA             NA                NA                NA
## 4                NA             NA                NA                NA
## 5                NA            5.3                NA                NA
## 6                NA             NA                NA                NA
##   SH.MMR.WAGE.ZS SH.STA.MMRT SH.STA.MMRT.NE SH.STA.TRAF.P5 SH.DYN.NCOM.ZS
## 1             NA          NA             NA             NA             NA
## 2             NA          NA             NA             NA             NA
## 3             NA          NA             NA             NA             NA
## 4             NA          NA             NA             NA             NA
## 5             NA          NA             NA             NA             NA
## 6             NA          NA             NA             NA             NA
##   SH.DYN.NCOM.FE.ZS SH.DYN.NCOM.MA.ZS SH.STA.AIRP.P5 SH.STA.AIRP.FE.P5
## 1                NA                NA             NA                NA
## 2                NA                NA             NA                NA
## 3                NA                NA             NA                NA
## 4                NA                NA             NA                NA
## 5                NA                NA             NA                NA
## 6                NA                NA             NA                NA
##   SH.STA.AIRP.MA.P5 SH.STA.POIS.P5 SH.STA.POIS.P5.FE SH.STA.POIS.P5.MA
## 1                NA             NA                NA                NA
## 2                NA             NA                NA                NA
## 3                NA             NA                NA                NA
## 4                NA             NA                NA                NA
## 5                NA             NA                NA                NA
## 6                NA             NA                NA                NA
##   SH.STA.WASH.P5 SP.DYN.AMRT.FE SP.DYN.AMRT.MA SP.DYN.IMRT.IN SP.DYN.IMRT.FE.IN
## 1             NA             NA             NA             NA                NA
## 2             NA             NA             NA             NA                NA
## 3             NA             NA             NA             NA                NA
## 4             NA             NA             NA             NA                NA
## 5             NA             NA             NA             NA                NA
## 6             NA             NA             NA             NA                NA
##   SP.DYN.IMRT.MA.IN SH.DYN.NMRT SH.DYN.MORT SH.DYN.MORT.FE SH.DYN.MORT.MA
## 1                NA          NA          NA             NA             NA
## 2                NA          NA          NA             NA             NA
## 3                NA          NA          NA             NA             NA
## 4                NA          NA          NA             NA             NA
## 5                NA          NA          NA             NA             NA
## 6                NA          NA          NA             NA             NA
##   SM.POP.NETM SH.VAC.TTNS.ZS SH.DTH.0514 SH.DTH.IMRT SH.MMR.DTHS SH.DTH.NMRT
## 1          NA             NA          NA          NA          NA          NA
## 2          NA             NA          NA          NA          NA          NA
## 3          NA             NA          NA          NA          NA          NA
## 4          NA             NA          NA          NA          NA          NA
## 5          NA             NA          NA          NA          NA          NA
## 6          NA             NA          NA          NA          NA          NA
##   SH.UHC.NOP1.TO SH.UHC.NOP2.TO SH.UHC.OOPC.10.TO SH.UHC.OOPC.25.TO SN.ITK.DEFC
## 1             NA             NA                NA                NA          NA
## 2             NA             NA                NA                NA          NA
## 3             NA             NA                NA                NA          NA
## 4             NA             NA                NA                NA          NA
## 5             NA             NA                NA                NA          NA
## 6             NA             NA                NA                NA          NA
##   SH.SGR.PROC.P5 SH.DTH.MORT SH.MMR.LEVE SH.MED.NUMW.P3 SH.XPD.OOPC.CH.ZS
## 1             NA          NA          NA             NA                NA
## 2             NA          NA          NA             NA                NA
## 3             NA          NA          NA             NA                NA
## 4             NA          NA          NA             NA                NA
## 5             NA          NA          NA             NA                NA
## 6             NA          NA          NA             NA                NA
##   SH.XPD.OOPC.PC.CD SH.XPD.OOPC.PP.CD SH.STA.ODFC.ZS SH.STA.ODFC.RU.ZS
## 1                NA                NA             NA                NA
## 2                NA                NA             NA                NA
## 3                NA                NA             NA                NA
## 4                NA                NA             NA                NA
## 5                NA                NA             NA                NA
## 6                NA                NA             NA                NA
##   SH.STA.ODFC.UR.ZS SH.H2O.BASW.ZS SH.H2O.BASW.RU.ZS SH.H2O.BASW.UR.ZS
## 1                NA             NA                NA                NA
## 2                NA             NA                NA                NA
## 3                NA             NA                NA                NA
## 4                NA             NA                NA                NA
## 5                NA             NA                NA                NA
## 6                NA             NA                NA                NA
##   SH.STA.BASS.ZS SH.STA.BASS.RU.ZS SH.STA.BASS.UR.ZS SH.H2O.SMDW.ZS
## 1             NA                NA                NA             NA
## 2             NA                NA                NA             NA
## 3             NA                NA                NA             NA
## 4             NA                NA                NA             NA
## 5             NA                NA                NA             NA
## 6             NA                NA                NA             NA
##   SH.H2O.SMDW.RU.ZS SH.H2O.SMDW.UR.ZS SH.STA.SMSS.ZS SH.STA.SMSS.RU.ZS
## 1                NA                NA             NA                NA
## 2                NA                NA             NA                NA
## 3                NA                NA             NA                NA
## 4                NA                NA             NA                NA
## 5                NA                NA             NA                NA
## 6                NA                NA             NA                NA
##   SH.STA.SMSS.UR.ZS SH.STA.HYGN.ZS SH.STA.HYGN.RU.ZS SH.STA.HYGN.UR.ZS
## 1                NA             NA                NA                NA
## 2                NA             NA                NA                NA
## 3                NA             NA                NA                NA
## 4                NA             NA                NA                NA
## 5                NA             NA                NA                NA
## 6                NA             NA                NA                NA
##   SH.MED.PHYS.ZS SP.POP.0004.FE SP.POP.0004.FE.5Y SP.POP.0004.MA
## 1             NA       24854512         12.058287       26008786
## 2             NA         277110          7.557271         289767
## 3             NA        2456961          4.651194        2596717
## 4             NA      153419754          9.501407      163715691
## 5             NA       73077265          6.330451       80054159
## 6             NA       67939534          6.601297       74614334
##   SP.POP.0004.MA.5Y SP.POP.0014.TO SP.POP.0014.TO.ZS SP.POP.0014.FE.IN
## 1         11.728850      139782891          32.66946          68286720
## 2          8.026905        1708078          23.47309            837203
## 3          5.240148       15599476          15.23705           7592488
## 4          9.770659      939913302          28.56627         454379983
## 5          6.749714      459749160          19.64392         218362329
## 6          7.010223      426431937          20.36885         202188095
##   SP.POP.0014.FE.ZS SP.POP.0014.MA.IN SP.POP.0014.MA.ZS SP.POP.0509.FE
## 1          33.12963          71493710          32.24060       23284558
## 2          22.83201            870864          24.12401         280062
## 3          14.37311           8007008          16.15805        2543150
## 4          28.14011         485527118          28.97657      151781082
## 5          18.91603         241386466          20.35234       73854649
## 6          19.64546         224243661          21.06831       68353500
##   SP.POP.0509.FE.5Y SP.POP.0509.MA SP.POP.0509.MA.5Y SP.POP.1014.FE
## 1         11.296616       24402277         11.004383       20147651
## 2          7.637777         291784          8.082778         280032
## 3          4.814359        2681766          5.411775        2592379
## 4          9.399923      161980152          9.667081      149179148
## 5          6.397793       81722934          6.890416       71430417
## 6          6.641520       75893633          7.130416       65895060
##   SP.POP.1014.FE.5Y SP.POP.1014.MA SP.POP.1014.MA.5Y SP.POP.1519.FE
## 1          9.774730       21082648          9.507372       18115624
## 2          7.636958         289313          8.014328         290255
## 3          4.907553        2728522          5.506129        2358496
## 4          9.238783      159831279          9.538834      144632997
## 5          6.187789       79609371          6.712212       71678473
## 6          6.402647       73735694          6.927672       65814658
##   SP.POP.1519.FE.5Y SP.POP.1519.MA SP.POP.1519.MA.5Y SP.POP.1564.TO.ZS
## 1          8.788883       18928186          8.535802          62.67271
## 2          7.915755         300451          8.322862          67.52627
## 3          4.464793        2474088          4.992683          65.81012
## 4          8.957236      155781135          9.297119          65.46432
## 5          6.209278       79216105          6.679054          69.17714
## 6          6.394835       72971742          6.855897          69.69993
##   SP.POP.1564.FE.IN SP.POP.1564.FE.ZS SP.POP.1564.MA.IN SP.POP.1564.MA.ZS
## 1         127238287          61.73027         140922288          63.54993
## 2           2479088          67.60900           2434643          67.44254
## 3          33502065          63.42171          33873432          68.35620
## 4        1055828098          65.38827        1098144784          65.53799
## 5         793779704          68.76261         825251623          69.58055
## 6         714792393          69.45230         744409915          69.93937
##   SP.POP.1564.TO SP.POP.2024.FE SP.POP.2024.FE.5Y SP.POP.2024.MA
## 1      268157877       17449218          8.465573       18738921
## 2        4913718         300422          8.193025         311444
## 3       67375470        2615950          4.952177        2746660
## 4     2153966405      140447231          8.698008      150203474
## 5     1619031919       75434106          6.534616       82351224
## 6     1459202369       68779490          6.682911       75223409
##   SP.POP.2024.MA.5Y SP.POP.2529.FE SP.POP.2529.FE.5Y SP.POP.2529.MA
## 1          8.450452       17272753          8.379960       19452856
## 2          8.627407         293522          8.004852         300181
## 3          5.542731        3178398          6.016926        3378765
## 4          8.964241      135077139          8.365434      142819714
## 5          6.943390       83221802          7.209239       89215677
## 6          7.067447       76193573          7.403295       81698887
##   SP.POP.2529.MA.5Y SP.POP.3034.FE SP.POP.3034.FE.5Y SP.POP.3034.MA
## 1          8.772407       16467310          7.989196       18887678
## 2          8.315384         275619          7.516610         276692
## 3          6.818307        3556613          6.732912        3816946
## 4          8.523573      128305461          7.946059      133696383
## 5          7.522161       94044814          8.146803       98224849
## 6          7.675836       86553698          8.409929       90437096
##   SP.POP.3034.MA.5Y SP.POP.3539.FE SP.POP.3539.FE.5Y SP.POP.3539.MA
## 1          8.517536       14684769          7.124387       16743388
## 2          7.664714         270183          7.368360         258544
## 3          7.702555        3700371          7.005055        3917777
## 4          7.979087      117819461          7.296653      121995348
## 5          8.281764       80135756          6.941905       82809779
## 6          8.496815       71767388          6.973228       74253414
##   SP.POP.3539.MA.5Y SP.POP.4044.FE SP.POP.4044.FE.5Y SP.POP.4044.MA
## 1          7.550551       12394573          6.013287       14241425
## 2          7.161990         236542          6.450911         222783
## 3          7.906032        3958123          7.493001        4087420
## 4          7.280761      102624792          6.355635      105546723
## 5          6.982052       80156003          6.943659       82559993
## 6          6.976313       71292738          6.927109       73576869
##   SP.POP.4044.MA.5Y SP.POP.4549.FE SP.POP.4549.FE.5Y SP.POP.4549.MA
## 1          6.422273       10182884          4.940276       11540918
## 2          6.171365         233078          6.356442         220353
## 3          8.248366        3652805          6.915010        3715541
## 4          6.299097       89875870          5.566084       91728576
## 5          6.960992       91142844          7.895414       93325370
## 6          6.912750       81599425          7.928551       83664862
##   SP.POP.4549.MA.5Y SP.POP.5054.FE SP.POP.5054.FE.5Y SP.POP.5054.MA
## 1          5.204460        8454292          4.101641        9299194
## 2          6.104051         216462          5.903294         206274
## 3          7.497920        3351256          6.344158        3302637
## 4          5.474421       77851846          4.821427       78642889
## 5          7.868668       87443149          7.574921       88003627
## 6          7.860545       78621452          7.639198       79203035
##   SP.POP.5054.MA.5Y SP.POP.5559.FE SP.POP.5559.FE.5Y SP.POP.5559.MA
## 1          4.193539        6837653          3.317320        7481678
## 2          5.714045         200948          5.480202         190426
## 3          6.664681        3337347          6.317829        3123393
## 4          4.693459       65974962          4.085882       65698486
## 5          7.419968       71038323          6.153824       71212363
## 6          7.441344       62592679          6.081774       62798224
##   SP.POP.5559.MA.5Y SP.POP.6064.FE SP.POP.6064.FE.5Y SP.POP.6064.MA
## 1          3.373917        5379212          2.609751        5608048
## 2          5.275037         162056          4.419549         147491
## 3          6.302974        3792702          7.179846        3310202
## 4          3.920928       53218344          3.295854       52032062
## 5          6.004224       59484439          5.152947       58332643
## 6          5.900066       51577296          5.011472       50582383
##   SP.POP.6064.MA.5Y SP.POP.65UP.TO.ZS SP.POP.65UP.FE.IN SP.POP.65UP.FE.ZS
## 1          2.528990          4.657838          10594745          5.140092
## 2          4.085684          9.000639            350509          9.558994
## 3          6.679950         18.952825          11729732         22.205188
## 4          3.105307          5.969409         104497550          6.471616
## 5          4.918279         11.178944         142234944         12.321360
## 6          4.752355          9.931220         112204121         10.902235
##   SP.POP.65UP.MA.IN SP.POP.65UP.MA.ZS SP.POP.65UP.TO SP.POP.6569.FE
## 1           9334519          4.209469       19929502        4114802
## 2            304443          8.433451         654954         119486
## 3           7673854         15.485749       19403633        3620088
## 4          91913084          5.485433      196410915       40197975
## 5         119399672         10.067105      261633659       52949684
## 6          95711107          8.992323      207914985       45327228
##   SP.POP.6569.FE.5Y SP.POP.6569.MA SP.POP.6569.MA.5Y SP.POP.7074.FE
## 1          1.996316        3992940          1.800645        2772099
## 2          3.258592         110047          3.048439          90619
## 3          6.853076        2889446          5.830869        2827052
## 4          2.489493       38273259          2.284173       27574050
## 5          4.586862       50218440          4.234135       35225618
## 6          4.404188       43013941          4.041278       28082534
##   SP.POP.7074.FE.5Y SP.POP.7074.MA SP.POP.7074.MA.5Y SP.POP.7579.FE
## 1          1.344897        2503846          1.129128        1867325
## 2          2.471339          81572          2.259646          63441
## 3          5.351802        2019510          4.075346        2044326
## 4          1.707683       24398827          1.456138       18492383
## 5          3.051483       31003463          2.614037       23727138
## 6          2.728620       24606417          2.311841       18165806
##   SP.POP.7579.FE.5Y SP.POP.7579.MA SP.POP.7579.MA.5Y SP.POP.80UP.FE
## 1         0.9059418        1530529         0.6902031        1840519
## 2         1.7301473          52522         1.4549250          76963
## 3         3.8700498        1246412         2.5152458        3238266
## 4         1.1452479       15552858         0.9282047       18233141
## 5         2.0554064       19302553         1.6274822       30332504
## 6         1.7650677       14846206         1.3948420       20628553
##   SP.POP.80UP.MA SP.POP.80UP.MA.5Y SP.POP.80UP.FE.5Y SP.POP.GROW
## 1        1307203         0.5894928         0.8929369   1.9246927
## 2          60302         1.6704404         2.0989159   0.5763854
## 3        1518485         3.0642878         6.1302590  -0.1545266
## 4       13688140         0.8169171         1.1291929   1.2945836
## 5       18875215         1.5914515         2.6276082   0.5364899
## 6       13244543         1.2443614         2.0043588   0.5781955
##   SP.POP.TOTL.FE.IN SP.POP.TOTL.FE.ZS SP.POP.TOTL.MA.IN SP.POP.TOTL.MA.ZS
## 1         206119753          48.17342         221750517          51.82658
## 2           3666801          50.39065           3609949          49.60935
## 3          52824286          51.59701          49554293          48.40299
## 4        1614705634          49.07486        1675584988          50.92514
## 5        1154376978          49.32361        1186037760          50.67639
## 6        1029184609          49.15980        1064364682          50.84020
##   SP.POP.TOTL SH.STA.PNVC.ZS SI.POV.NAHC SH.STA.ANVC.ZS SH.STA.ANV4.ZS
## 1   427870270             NA          NA             NA             NA
## 2     7401381             NA          NA             NA             NA
## 3   102378579             NA          NA             NA             NA
## 4  3290290622             NA          NA             NA             NA
## 5  2340628292             NA          NA             NA             NA
## 6  2093675040             NA          NA             NA             NA
##   SH.ANM.CHLD.ZS SH.ANM.NPRG.ZS SH.PRG.ANEM SH.ANM.ALLW.ZS SH.HIV.1524.FE.ZS
## 1             NA             NA          NA             NA                NA
## 2             NA             NA          NA             NA                NA
## 3             NA             NA          NA             NA                NA
## 4             NA             NA          NA             NA                NA
## 5             NA             NA          NA             NA                NA
## 6             NA             NA          NA             NA                NA
##   SH.HIV.1524.MA.ZS SH.DYN.AIDS.ZS SH.STA.OWAD.ZS SH.STA.OWGH.ZS
## 1                NA             NA             NA             NA
## 2                NA             NA             NA             NA
## 3                NA             NA             NA             NA
## 4                NA             NA             NA             NA
## 5                NA             NA             NA            6.8
## 6                NA             NA             NA             NA
##   SH.STA.OWGH.FE.ZS SH.STA.OWAD.FE.ZS SH.STA.OWGH.MA.ZS SH.STA.OWAD.MA.ZS
## 1                NA                NA                NA                NA
## 2                NA                NA                NA                NA
## 3                NA                NA                NA                NA
## 4                NA                NA                NA                NA
## 5                NA                NA                NA                NA
## 6                NA                NA                NA                NA
##   SH.SVR.WAST.ZS SH.SVR.WAST.FE.ZS SH.SVR.WAST.MA.ZS SH.PRG.SYPH.ZS
## 1             NA                NA                NA             NA
## 2             NA                NA                NA             NA
## 3             NA                NA                NA             NA
## 4             NA                NA                NA             NA
## 5            1.4                NA                NA             NA
## 6             NA                NA                NA             NA
##   SN.ITK.DEFC.ZS SH.STA.WAST.ZS SH.STA.WAST.FE.ZS SH.STA.WAST.MA.ZS
## 1             NA             NA                NA                NA
## 2             NA             NA                NA                NA
## 3             NA             NA                NA                NA
## 4             NA             NA                NA                NA
## 5             NA            3.7                NA                NA
## 6             NA             NA                NA                NA
##   SE.PRM.CMPT.FE.ZS SE.PRM.CMPT.MA.ZS SE.PRM.CMPT.ZS SH.DYN.0514 SH.UHC.NOP1.ZS
## 1                NA                NA             NA          NA             NA
## 2                NA                NA             NA          NA             NA
## 3                NA                NA             NA          NA             NA
## 4                NA                NA             NA          NA             NA
## 5                NA                NA             NA          NA             NA
## 6                NA                NA             NA          NA             NA
##   SH.UHC.NOP2.ZS SH.UHC.OOPC.10.ZS SH.UHC.OOPC.25.ZS SE.XPD.TOTL.GD.ZS
## 1             NA                NA                NA                NA
## 2             NA                NA                NA                NA
## 3             NA                NA                NA                NA
## 4             NA                NA                NA                NA
## 5             NA                NA                NA                NA
## 6             NA                NA                NA                NA
##   SE.ENR.ORPH SE.ADT.1524.LT.FM.ZS SH.SGR.CRSK.ZS SH.SGR.IRSK.ZS SP.RUR.TOTL
## 1          NA                   NA             NA             NA   174564024
## 2          NA                   NA             NA             NA     3599290
## 3          NA                   NA             NA             NA    38455076
## 4          NA                   NA             NA             NA  1791866077
## 5          NA                   NA             NA             NA   938907166
## 6          NA                   NA             NA             NA   909282997
##   SP.RUR.TOTL.ZS SP.RUR.TOTL.ZG SI.POV.RUHC SE.PRM.ENRR SE.PRM.NENR
## 1       40.79835      1.2392457          NA          NA          NA
## 2       48.62996      0.2246310          NA          NA          NA
## 3       37.56164     -0.4317326          NA          NA          NA
## 4       54.45920      0.5354880          NA          NA          NA
## 5       40.11347     -1.5127732          NA          NA          NA
## 6       43.43000     -1.5452493          NA          NA          NA
##   SE.PRM.ENRR.FE SE.PRM.NENR.FE SE.PRM.ENRR.MA SE.PRM.NENR.MA SE.SEC.ENRR
## 1             NA             NA             NA             NA          NA
## 2             NA             NA             NA             NA          NA
## 3             NA             NA             NA             NA          NA
## 4             NA             NA             NA             NA          NA
## 5             NA             NA             NA             NA          NA
## 6             NA             NA             NA             NA          NA
##   SE.SEC.NENR SE.SEC.ENRR.FE SE.SEC.NENR.FE SE.SEC.ENRR.MA SE.SEC.NENR.MA
## 1          NA             NA             NA             NA             NA
## 2          NA             NA             NA             NA             NA
## 3          NA             NA             NA             NA             NA
## 4          NA             NA             NA             NA             NA
## 5          NA             NA             NA             NA             NA
## 6          NA             NA             NA             NA             NA
##   SE.TER.ENRR SE.TER.ENRR.FE SP.POP.BRTH.MF SL.EMP.INSV.FE.ZS SH.PRV.SMOK.FE
## 1          NA             NA             NA                NA             NA
## 2          NA             NA             NA                NA             NA
## 3          NA             NA             NA                NA             NA
## 4          NA             NA             NA                NA             NA
## 5          NA             NA             NA                NA             NA
## 6          NA             NA             NA                NA             NA
##   SH.PRV.SMOK.MA SH.PRV.SMOK SH.MED.SAOP.P5 SH.STA.SUIC.P5 SH.STA.SUIC.FE.P5
## 1             NA          NA             NA             NA                NA
## 2             NA          NA             NA             NA                NA
## 3             NA          NA             NA             NA                NA
## 4             NA          NA             NA             NA                NA
## 5             NA          NA             NA             NA                NA
## 6             NA          NA             NA             NA                NA
##   SH.STA.SUIC.MA.P5 SP.DYN.TO65.FE.ZS SP.DYN.TO65.MA.ZS SP.MTR.1519.ZS
## 1                NA                NA                NA             NA
## 2                NA                NA                NA             NA
## 3                NA                NA                NA             NA
## 4                NA                NA                NA             NA
## 5                NA                NA                NA             NA
## 6                NA                NA                NA             NA
##   SH.ALC.PCAP.LI SH.ALC.PCAP.FE.LI SH.ALC.PCAP.MA.LI SH.TBS.DTEC.ZS SH.TBS.MORT
## 1             NA                NA                NA             NA          NA
## 2             NA                NA                NA             NA          NA
## 3             NA                NA                NA             NA          NA
## 4             NA                NA                NA             NA          NA
## 5             NA                NA                NA             NA          NA
## 6             NA                NA                NA             NA          NA
##   SH.TBS.CURE.ZS SH.UHC.SRVS.CV.XD SL.UEM.TOTL.FE.ZS SL.UEM.TOTL.MA.ZS
## 1             NA                NA         19.954200          7.824012
## 2             NA                NA         10.127709          6.352640
## 3             NA                NA          3.926424          3.824401
## 4             NA                NA          6.671477          5.453449
## 5             NA                NA          3.424570          4.139991
## 6             NA                NA          3.457939          4.228728
##   SL.UEM.TOTL.ZS SP.UWT.TFRT SP.URB.TOTL SP.URB.TOTL.IN.ZS SP.URB.GROW
## 1      10.336946          NA   253306246          59.20165   2.4024908
## 2       8.011520          NA     3802091          51.37004   0.9116601
## 3       3.870378          NA    63923503          62.43836   0.0129797
## 4       5.816614          NA  1498424545          45.54080   2.2175228
## 5       3.830288          NA  1401721126          59.88653   1.9575029
## 6       3.895681          NA  1184392043          56.57000   2.2716088
##   SI.POV.URHC SH.MLR.NETS.ZS SN.ITK.VITA.ZS SP.DYN.WFRT SP.M15.2024.FE.ZS
## 1          NA             NA             NA          NA                NA
## 2          NA             NA             NA          NA                NA
## 3          NA             NA             NA          NA                NA
## 4          NA             NA             NA          NA                NA
## 5          NA             NA             NA          NA                NA
## 6          NA             NA             NA          NA                NA
##   SP.M18.2024.FE.ZS SH.DYN.AIDS.FE.ZS
## 1                NA                NA
## 2                NA                NA
## 3                NA                NA
## 4                NA                NA
## 5                NA                NA
## 6                NA                NA

which shows that many rows contain missing values (identified with NA). The dataset dimension is obtained with:

dim(hnp_data)
## [1] 259 407

A simple first cleaning will consist in: * removing all columns with only missing values * removing all rows with only missing values

The number of missing values in all columns is given by:

missing_in_cols <- apply(hnp_data, 2, function(acol) sum(is.na(acol)))
head(missing_in_cols)
##   Country.Name   Country.Code    SP.ADO.TFRT    SH.HIV.TOTL SH.HIV.INCD.TL 
##              0              0            259            259            259 
##    SH.DYN.AIDS 
##            259

Exercise: Perform the cleaning steps described above.

hnp_data <- hnp_data[ ,which(missing_in_cols < 259)]
missing_in_rows <- apply(hnp_data, 1, function(arow) sum(is.na(arow)))
hnp_data <- hnp_data[which(missing_in_rows < (ncol(hnp_data) - 2)), ]

If these steps have been properly performed, your dataset should look like this:

head(hnp_data)
##                                  Country.Name Country.Code SP.POP.DPND
## 1                                  Arab World          ARB    61.08180
## 2                      Caribbean small states          CSS    48.15854
## 3              Central Europe and the Baltics          CEB    51.99869
## 4                  Early-demographic dividend          EAR    53.15051
## 5                         East Asia & Pacific          EAS    44.87090
## 6 East Asia & Pacific (excluding high income)          EAP    43.59206
##   SP.POP.DPND.OL SP.POP.DPND.YG SP.POP.AG00.FE.IN SP.POP.AG00.MA.IN
## 1       7.432003       52.12709                NA                NA
## 2      13.329092       34.76142                NA                NA
## 3      28.799254       23.15305                NA                NA
## 4       9.118569       43.63640                NA                NA
## 5      16.159883       28.39655                NA                NA
## 6      14.248537       29.22363                NA                NA
##   SP.POP.AG01.FE.IN SP.POP.AG01.MA.IN SP.POP.AG02.FE.IN SP.POP.AG02.MA.IN
## 1                NA                NA                NA                NA
## 2                NA                NA                NA                NA
## 3                NA                NA                NA                NA
## 4                NA                NA                NA                NA
## 5                NA                NA                NA                NA
## 6                NA                NA                NA                NA
##   SP.POP.AG03.FE.IN SP.POP.AG03.MA.IN SP.POP.AG04.FE.IN SP.POP.AG04.MA.IN
## 1                NA                NA                NA                NA
## 2                NA                NA                NA                NA
## 3                NA                NA                NA                NA
## 4                NA                NA                NA                NA
## 5                NA                NA                NA                NA
## 6                NA                NA                NA                NA
##   SP.POP.AG05.FE.IN SP.POP.AG05.MA.IN SP.POP.AG06.FE.IN SP.POP.AG06.MA.IN
## 1                NA                NA                NA                NA
## 2                NA                NA                NA                NA
## 3                NA                NA                NA                NA
## 4                NA                NA                NA                NA
## 5                NA                NA                NA                NA
## 6                NA                NA                NA                NA
##   SP.POP.AG07.FE.IN SP.POP.AG07.MA.IN SP.POP.AG08.FE.IN SP.POP.AG08.MA.IN
## 1                NA                NA                NA                NA
## 2                NA                NA                NA                NA
## 3                NA                NA                NA                NA
## 4                NA                NA                NA                NA
## 5                NA                NA                NA                NA
## 6                NA                NA                NA                NA
##   SP.POP.AG09.FE.IN SP.POP.AG09.MA.IN SP.POP.AG10.FE.IN SP.POP.AG10.MA.IN
## 1                NA                NA                NA                NA
## 2                NA                NA                NA                NA
## 3                NA                NA                NA                NA
## 4                NA                NA                NA                NA
## 5                NA                NA                NA                NA
## 6                NA                NA                NA                NA
##   SP.POP.AG11.FE.IN SP.POP.AG11.MA.IN SP.POP.AG12.FE.IN SP.POP.AG12.MA.IN
## 1                NA                NA                NA                NA
## 2                NA                NA                NA                NA
## 3                NA                NA                NA                NA
## 4                NA                NA                NA                NA
## 5                NA                NA                NA                NA
## 6                NA                NA                NA                NA
##   SP.POP.AG13.FE.IN SP.POP.AG13.MA.IN SP.POP.AG14.FE.IN SP.POP.AG14.MA.IN
## 1                NA                NA                NA                NA
## 2                NA                NA                NA                NA
## 3                NA                NA                NA                NA
## 4                NA                NA                NA                NA
## 5                NA                NA                NA                NA
## 6                NA                NA                NA                NA
##   SP.POP.AG15.FE.IN SP.POP.AG15.MA.IN SP.POP.AG16.FE.IN SP.POP.AG16.MA.IN
## 1                NA                NA                NA                NA
## 2                NA                NA                NA                NA
## 3                NA                NA                NA                NA
## 4                NA                NA                NA                NA
## 5                NA                NA                NA                NA
## 6                NA                NA                NA                NA
##   SP.POP.AG17.FE.IN SP.POP.AG17.MA.IN SP.POP.AG18.FE.IN SP.POP.AG18.MA.IN
## 1                NA                NA                NA                NA
## 2                NA                NA                NA                NA
## 3                NA                NA                NA                NA
## 4                NA                NA                NA                NA
## 5                NA                NA                NA                NA
## 6                NA                NA                NA                NA
##   SP.POP.AG19.FE.IN SP.POP.AG19.MA.IN SP.POP.AG20.FE.IN SP.POP.AG20.MA.IN
## 1                NA                NA                NA                NA
## 2                NA                NA                NA                NA
## 3                NA                NA                NA                NA
## 4                NA                NA                NA                NA
## 5                NA                NA                NA                NA
## 6                NA                NA                NA                NA
##   SP.POP.AG21.FE.IN SP.POP.AG21.MA.IN SP.POP.AG22.FE.IN SP.POP.AG22.MA.IN
## 1                NA                NA                NA                NA
## 2                NA                NA                NA                NA
## 3                NA                NA                NA                NA
## 4                NA                NA                NA                NA
## 5                NA                NA                NA                NA
## 6                NA                NA                NA                NA
##   SP.POP.AG23.FE.IN SP.POP.AG23.MA.IN SP.POP.AG24.FE.IN SP.POP.AG24.MA.IN
## 1                NA                NA                NA                NA
## 2                NA                NA                NA                NA
## 3                NA                NA                NA                NA
## 4                NA                NA                NA                NA
## 5                NA                NA                NA                NA
## 6                NA                NA                NA                NA
##   SP.POP.AG25.FE.IN SP.POP.AG25.MA.IN SH.STA.DIAB.ZS NY.GNP.PCAP.CD
## 1                NA                NA      12.536001       6502.415
## 2                NA                NA      11.629347       9804.796
## 3                NA                NA       6.296002      15796.772
## 4                NA                NA      10.090910       3645.529
## 5                NA                NA       8.202608      11725.701
## 6                NA                NA       8.488062       8299.220
##   SL.TLF.TOTL.FE.ZS SL.TLF.TOTL.IN SH.STA.STNT.ZS SH.STA.STNT.FE.ZS
## 1          20.71772      138180908             NA                NA
## 2          43.93480        3406886             NA                NA
## 3          44.99905       49355626             NA                NA
## 4          29.81833     1303740803             NA                NA
## 5          43.32029     1265785108             11                NA
## 6          43.23804     1132518723             NA                NA
##   SH.STA.STNT.MA.ZS SH.STA.MALN.ZS SH.STA.MALN.FE.ZS SH.STA.MALN.MA.ZS
## 1                NA             NA                NA                NA
## 2                NA             NA                NA                NA
## 3                NA             NA                NA                NA
## 4                NA             NA                NA                NA
## 5                NA            5.3                NA                NA
## 6                NA             NA                NA                NA
##   SP.POP.0004.FE SP.POP.0004.FE.5Y SP.POP.0004.MA SP.POP.0004.MA.5Y
## 1       24854512         12.058287       26008786         11.728850
## 2         277110          7.557271         289767          8.026905
## 3        2456961          4.651194        2596717          5.240148
## 4      153419754          9.501407      163715691          9.770659
## 5       73077265          6.330451       80054159          6.749714
## 6       67939534          6.601297       74614334          7.010223
##   SP.POP.0014.TO SP.POP.0014.TO.ZS SP.POP.0014.FE.IN SP.POP.0014.FE.ZS
## 1      139782891          32.66946          68286720          33.12963
## 2        1708078          23.47309            837203          22.83201
## 3       15599476          15.23705           7592488          14.37311
## 4      939913302          28.56627         454379983          28.14011
## 5      459749160          19.64392         218362329          18.91603
## 6      426431937          20.36885         202188095          19.64546
##   SP.POP.0014.MA.IN SP.POP.0014.MA.ZS SP.POP.0509.FE SP.POP.0509.FE.5Y
## 1          71493710          32.24060       23284558         11.296616
## 2            870864          24.12401         280062          7.637777
## 3           8007008          16.15805        2543150          4.814359
## 4         485527118          28.97657      151781082          9.399923
## 5         241386466          20.35234       73854649          6.397793
## 6         224243661          21.06831       68353500          6.641520
##   SP.POP.0509.MA SP.POP.0509.MA.5Y SP.POP.1014.FE SP.POP.1014.FE.5Y
## 1       24402277         11.004383       20147651          9.774730
## 2         291784          8.082778         280032          7.636958
## 3        2681766          5.411775        2592379          4.907553
## 4      161980152          9.667081      149179148          9.238783
## 5       81722934          6.890416       71430417          6.187789
## 6       75893633          7.130416       65895060          6.402647
##   SP.POP.1014.MA SP.POP.1014.MA.5Y SP.POP.1519.FE SP.POP.1519.FE.5Y
## 1       21082648          9.507372       18115624          8.788883
## 2         289313          8.014328         290255          7.915755
## 3        2728522          5.506129        2358496          4.464793
## 4      159831279          9.538834      144632997          8.957236
## 5       79609371          6.712212       71678473          6.209278
## 6       73735694          6.927672       65814658          6.394835
##   SP.POP.1519.MA SP.POP.1519.MA.5Y SP.POP.1564.TO.ZS SP.POP.1564.FE.IN
## 1       18928186          8.535802          62.67271         127238287
## 2         300451          8.322862          67.52627           2479088
## 3        2474088          4.992683          65.81012          33502065
## 4      155781135          9.297119          65.46432        1055828098
## 5       79216105          6.679054          69.17714         793779704
## 6       72971742          6.855897          69.69993         714792393
##   SP.POP.1564.FE.ZS SP.POP.1564.MA.IN SP.POP.1564.MA.ZS SP.POP.1564.TO
## 1          61.73027         140922288          63.54993      268157877
## 2          67.60900           2434643          67.44254        4913718
## 3          63.42171          33873432          68.35620       67375470
## 4          65.38827        1098144784          65.53799     2153966405
## 5          68.76261         825251623          69.58055     1619031919
## 6          69.45230         744409915          69.93937     1459202369
##   SP.POP.2024.FE SP.POP.2024.FE.5Y SP.POP.2024.MA SP.POP.2024.MA.5Y
## 1       17449218          8.465573       18738921          8.450452
## 2         300422          8.193025         311444          8.627407
## 3        2615950          4.952177        2746660          5.542731
## 4      140447231          8.698008      150203474          8.964241
## 5       75434106          6.534616       82351224          6.943390
## 6       68779490          6.682911       75223409          7.067447
##   SP.POP.2529.FE SP.POP.2529.FE.5Y SP.POP.2529.MA SP.POP.2529.MA.5Y
## 1       17272753          8.379960       19452856          8.772407
## 2         293522          8.004852         300181          8.315384
## 3        3178398          6.016926        3378765          6.818307
## 4      135077139          8.365434      142819714          8.523573
## 5       83221802          7.209239       89215677          7.522161
## 6       76193573          7.403295       81698887          7.675836
##   SP.POP.3034.FE SP.POP.3034.FE.5Y SP.POP.3034.MA SP.POP.3034.MA.5Y
## 1       16467310          7.989196       18887678          8.517536
## 2         275619          7.516610         276692          7.664714
## 3        3556613          6.732912        3816946          7.702555
## 4      128305461          7.946059      133696383          7.979087
## 5       94044814          8.146803       98224849          8.281764
## 6       86553698          8.409929       90437096          8.496815
##   SP.POP.3539.FE SP.POP.3539.FE.5Y SP.POP.3539.MA SP.POP.3539.MA.5Y
## 1       14684769          7.124387       16743388          7.550551
## 2         270183          7.368360         258544          7.161990
## 3        3700371          7.005055        3917777          7.906032
## 4      117819461          7.296653      121995348          7.280761
## 5       80135756          6.941905       82809779          6.982052
## 6       71767388          6.973228       74253414          6.976313
##   SP.POP.4044.FE SP.POP.4044.FE.5Y SP.POP.4044.MA SP.POP.4044.MA.5Y
## 1       12394573          6.013287       14241425          6.422273
## 2         236542          6.450911         222783          6.171365
## 3        3958123          7.493001        4087420          8.248366
## 4      102624792          6.355635      105546723          6.299097
## 5       80156003          6.943659       82559993          6.960992
## 6       71292738          6.927109       73576869          6.912750
##   SP.POP.4549.FE SP.POP.4549.FE.5Y SP.POP.4549.MA SP.POP.4549.MA.5Y
## 1       10182884          4.940276       11540918          5.204460
## 2         233078          6.356442         220353          6.104051
## 3        3652805          6.915010        3715541          7.497920
## 4       89875870          5.566084       91728576          5.474421
## 5       91142844          7.895414       93325370          7.868668
## 6       81599425          7.928551       83664862          7.860545
##   SP.POP.5054.FE SP.POP.5054.FE.5Y SP.POP.5054.MA SP.POP.5054.MA.5Y
## 1        8454292          4.101641        9299194          4.193539
## 2         216462          5.903294         206274          5.714045
## 3        3351256          6.344158        3302637          6.664681
## 4       77851846          4.821427       78642889          4.693459
## 5       87443149          7.574921       88003627          7.419968
## 6       78621452          7.639198       79203035          7.441344
##   SP.POP.5559.FE SP.POP.5559.FE.5Y SP.POP.5559.MA SP.POP.5559.MA.5Y
## 1        6837653          3.317320        7481678          3.373917
## 2         200948          5.480202         190426          5.275037
## 3        3337347          6.317829        3123393          6.302974
## 4       65974962          4.085882       65698486          3.920928
## 5       71038323          6.153824       71212363          6.004224
## 6       62592679          6.081774       62798224          5.900066
##   SP.POP.6064.FE SP.POP.6064.FE.5Y SP.POP.6064.MA SP.POP.6064.MA.5Y
## 1        5379212          2.609751        5608048          2.528990
## 2         162056          4.419549         147491          4.085684
## 3        3792702          7.179846        3310202          6.679950
## 4       53218344          3.295854       52032062          3.105307
## 5       59484439          5.152947       58332643          4.918279
## 6       51577296          5.011472       50582383          4.752355
##   SP.POP.65UP.TO.ZS SP.POP.65UP.FE.IN SP.POP.65UP.FE.ZS SP.POP.65UP.MA.IN
## 1          4.657838          10594745          5.140092           9334519
## 2          9.000639            350509          9.558994            304443
## 3         18.952825          11729732         22.205188           7673854
## 4          5.969409         104497550          6.471616          91913084
## 5         11.178944         142234944         12.321360         119399672
## 6          9.931220         112204121         10.902235          95711107
##   SP.POP.65UP.MA.ZS SP.POP.65UP.TO SP.POP.6569.FE SP.POP.6569.FE.5Y
## 1          4.209469       19929502        4114802          1.996316
## 2          8.433451         654954         119486          3.258592
## 3         15.485749       19403633        3620088          6.853076
## 4          5.485433      196410915       40197975          2.489493
## 5         10.067105      261633659       52949684          4.586862
## 6          8.992323      207914985       45327228          4.404188
##   SP.POP.6569.MA SP.POP.6569.MA.5Y SP.POP.7074.FE SP.POP.7074.FE.5Y
## 1        3992940          1.800645        2772099          1.344897
## 2         110047          3.048439          90619          2.471339
## 3        2889446          5.830869        2827052          5.351802
## 4       38273259          2.284173       27574050          1.707683
## 5       50218440          4.234135       35225618          3.051483
## 6       43013941          4.041278       28082534          2.728620
##   SP.POP.7074.MA SP.POP.7074.MA.5Y SP.POP.7579.FE SP.POP.7579.FE.5Y
## 1        2503846          1.129128        1867325         0.9059418
## 2          81572          2.259646          63441         1.7301473
## 3        2019510          4.075346        2044326         3.8700498
## 4       24398827          1.456138       18492383         1.1452479
## 5       31003463          2.614037       23727138         2.0554064
## 6       24606417          2.311841       18165806         1.7650677
##   SP.POP.7579.MA SP.POP.7579.MA.5Y SP.POP.80UP.FE SP.POP.80UP.MA
## 1        1530529         0.6902031        1840519        1307203
## 2          52522         1.4549250          76963          60302
## 3        1246412         2.5152458        3238266        1518485
## 4       15552858         0.9282047       18233141       13688140
## 5       19302553         1.6274822       30332504       18875215
## 6       14846206         1.3948420       20628553       13244543
##   SP.POP.80UP.MA.5Y SP.POP.80UP.FE.5Y SP.POP.GROW SP.POP.TOTL.FE.IN
## 1         0.5894928         0.8929369   1.9246927         206119753
## 2         1.6704404         2.0989159   0.5763854           3666801
## 3         3.0642878         6.1302590  -0.1545266          52824286
## 4         0.8169171         1.1291929   1.2945836        1614705634
## 5         1.5914515         2.6276082   0.5364899        1154376978
## 6         1.2443614         2.0043588   0.5781955        1029184609
##   SP.POP.TOTL.FE.ZS SP.POP.TOTL.MA.IN SP.POP.TOTL.MA.ZS SP.POP.TOTL SI.POV.NAHC
## 1          48.17342         221750517          51.82658   427870270          NA
## 2          50.39065           3609949          49.60935     7401381          NA
## 3          51.59701          49554293          48.40299   102378579          NA
## 4          49.07486        1675584988          50.92514  3290290622          NA
## 5          49.32361        1186037760          50.67639  2340628292          NA
## 6          49.15980        1064364682          50.84020  2093675040          NA
##   SH.STA.OWGH.ZS SH.STA.OWGH.FE.ZS SH.STA.OWGH.MA.ZS SH.SVR.WAST.ZS
## 1             NA                NA                NA             NA
## 2             NA                NA                NA             NA
## 3             NA                NA                NA             NA
## 4             NA                NA                NA             NA
## 5            6.8                NA                NA            1.4
## 6             NA                NA                NA             NA
##   SH.SVR.WAST.FE.ZS SH.SVR.WAST.MA.ZS SH.STA.WAST.ZS SH.STA.WAST.FE.ZS
## 1                NA                NA             NA                NA
## 2                NA                NA             NA                NA
## 3                NA                NA             NA                NA
## 4                NA                NA             NA                NA
## 5                NA                NA            3.7                NA
## 6                NA                NA             NA                NA
##   SH.STA.WAST.MA.ZS SE.PRM.CMPT.FE.ZS SE.PRM.CMPT.MA.ZS SE.PRM.CMPT.ZS
## 1                NA                NA                NA             NA
## 2                NA                NA                NA             NA
## 3                NA                NA                NA             NA
## 4                NA                NA                NA             NA
## 5                NA                NA                NA             NA
## 6                NA                NA                NA             NA
##   SP.RUR.TOTL SP.RUR.TOTL.ZS SP.RUR.TOTL.ZG SE.PRM.ENRR SE.PRM.NENR
## 1   174564024       40.79835      1.2392457          NA          NA
## 2     3599290       48.62996      0.2246310          NA          NA
## 3    38455076       37.56164     -0.4317326          NA          NA
## 4  1791866077       54.45920      0.5354880          NA          NA
## 5   938907166       40.11347     -1.5127732          NA          NA
## 6   909282997       43.43000     -1.5452493          NA          NA
##   SE.PRM.ENRR.FE SE.PRM.NENR.FE SE.PRM.ENRR.MA SE.PRM.NENR.MA SE.SEC.ENRR
## 1             NA             NA             NA             NA          NA
## 2             NA             NA             NA             NA          NA
## 3             NA             NA             NA             NA          NA
## 4             NA             NA             NA             NA          NA
## 5             NA             NA             NA             NA          NA
## 6             NA             NA             NA             NA          NA
##   SE.SEC.NENR SE.SEC.ENRR.FE SE.SEC.NENR.FE SE.SEC.ENRR.MA SE.SEC.NENR.MA
## 1          NA             NA             NA             NA             NA
## 2          NA             NA             NA             NA             NA
## 3          NA             NA             NA             NA             NA
## 4          NA             NA             NA             NA             NA
## 5          NA             NA             NA             NA             NA
## 6          NA             NA             NA             NA             NA
##   SE.TER.ENRR SE.TER.ENRR.FE SL.UEM.TOTL.FE.ZS SL.UEM.TOTL.MA.ZS SL.UEM.TOTL.ZS
## 1          NA             NA         19.954200          7.824012      10.336946
## 2          NA             NA         10.127709          6.352640       8.011520
## 3          NA             NA          3.926424          3.824401       3.870378
## 4          NA             NA          6.671477          5.453449       5.816614
## 5          NA             NA          3.424570          4.139991       3.830288
## 6          NA             NA          3.457939          4.228728       3.895681
##   SP.UWT.TFRT SP.URB.TOTL SP.URB.TOTL.IN.ZS SP.URB.GROW
## 1          NA   253306246          59.20165   2.4024908
## 2          NA     3802091          51.37004   0.9116601
## 3          NA    63923503          62.43836   0.0129797
## 4          NA  1498424545          45.54080   2.2175228
## 5          NA  1401721126          59.88653   1.9575029
## 6          NA  1184392043          56.57000   2.2716088

and have the following dimensions:

dim(hnp_data)
## [1] 258 196

Information on column types can be obtained with:

sapply(hnp_data, class)
##      Country.Name      Country.Code       SP.POP.DPND    SP.POP.DPND.OL 
##       "character"       "character"         "numeric"         "numeric" 
##    SP.POP.DPND.YG SP.POP.AG00.FE.IN SP.POP.AG00.MA.IN SP.POP.AG01.FE.IN 
##         "numeric"         "integer"         "integer"         "integer" 
## SP.POP.AG01.MA.IN SP.POP.AG02.FE.IN SP.POP.AG02.MA.IN SP.POP.AG03.FE.IN 
##         "integer"         "integer"         "integer"         "integer" 
## SP.POP.AG03.MA.IN SP.POP.AG04.FE.IN SP.POP.AG04.MA.IN SP.POP.AG05.FE.IN 
##         "integer"         "integer"         "integer"         "integer" 
## SP.POP.AG05.MA.IN SP.POP.AG06.FE.IN SP.POP.AG06.MA.IN SP.POP.AG07.FE.IN 
##         "integer"         "integer"         "integer"         "integer" 
## SP.POP.AG07.MA.IN SP.POP.AG08.FE.IN SP.POP.AG08.MA.IN SP.POP.AG09.FE.IN 
##         "integer"         "integer"         "integer"         "integer" 
## SP.POP.AG09.MA.IN SP.POP.AG10.FE.IN SP.POP.AG10.MA.IN SP.POP.AG11.FE.IN 
##         "integer"         "integer"         "integer"         "integer" 
## SP.POP.AG11.MA.IN SP.POP.AG12.FE.IN SP.POP.AG12.MA.IN SP.POP.AG13.FE.IN 
##         "integer"         "integer"         "integer"         "integer" 
## SP.POP.AG13.MA.IN SP.POP.AG14.FE.IN SP.POP.AG14.MA.IN SP.POP.AG15.FE.IN 
##         "integer"         "integer"         "integer"         "integer" 
## SP.POP.AG15.MA.IN SP.POP.AG16.FE.IN SP.POP.AG16.MA.IN SP.POP.AG17.FE.IN 
##         "integer"         "integer"         "integer"         "integer" 
## SP.POP.AG17.MA.IN SP.POP.AG18.FE.IN SP.POP.AG18.MA.IN SP.POP.AG19.FE.IN 
##         "integer"         "integer"         "integer"         "integer" 
## SP.POP.AG19.MA.IN SP.POP.AG20.FE.IN SP.POP.AG20.MA.IN SP.POP.AG21.FE.IN 
##         "integer"         "integer"         "integer"         "integer" 
## SP.POP.AG21.MA.IN SP.POP.AG22.FE.IN SP.POP.AG22.MA.IN SP.POP.AG23.FE.IN 
##         "integer"         "integer"         "integer"         "integer" 
## SP.POP.AG23.MA.IN SP.POP.AG24.FE.IN SP.POP.AG24.MA.IN SP.POP.AG25.FE.IN 
##         "integer"         "integer"         "integer"         "integer" 
## SP.POP.AG25.MA.IN    SH.STA.DIAB.ZS    NY.GNP.PCAP.CD SL.TLF.TOTL.FE.ZS 
##         "integer"         "numeric"         "numeric"         "numeric" 
##    SL.TLF.TOTL.IN    SH.STA.STNT.ZS SH.STA.STNT.FE.ZS SH.STA.STNT.MA.ZS 
##         "numeric"         "numeric"         "numeric"         "numeric" 
##    SH.STA.MALN.ZS SH.STA.MALN.FE.ZS SH.STA.MALN.MA.ZS    SP.POP.0004.FE 
##         "numeric"         "numeric"         "numeric"         "integer" 
## SP.POP.0004.FE.5Y    SP.POP.0004.MA SP.POP.0004.MA.5Y    SP.POP.0014.TO 
##         "numeric"         "integer"         "numeric"         "integer" 
## SP.POP.0014.TO.ZS SP.POP.0014.FE.IN SP.POP.0014.FE.ZS SP.POP.0014.MA.IN 
##         "numeric"         "integer"         "numeric"         "integer" 
## SP.POP.0014.MA.ZS    SP.POP.0509.FE SP.POP.0509.FE.5Y    SP.POP.0509.MA 
##         "numeric"         "integer"         "numeric"         "integer" 
## SP.POP.0509.MA.5Y    SP.POP.1014.FE SP.POP.1014.FE.5Y    SP.POP.1014.MA 
##         "numeric"         "integer"         "numeric"         "integer" 
## SP.POP.1014.MA.5Y    SP.POP.1519.FE SP.POP.1519.FE.5Y    SP.POP.1519.MA 
##         "numeric"         "integer"         "numeric"         "integer" 
## SP.POP.1519.MA.5Y SP.POP.1564.TO.ZS SP.POP.1564.FE.IN SP.POP.1564.FE.ZS 
##         "numeric"         "numeric"         "numeric"         "numeric" 
## SP.POP.1564.MA.IN SP.POP.1564.MA.ZS    SP.POP.1564.TO    SP.POP.2024.FE 
##         "numeric"         "numeric"         "numeric"         "integer" 
## SP.POP.2024.FE.5Y    SP.POP.2024.MA SP.POP.2024.MA.5Y    SP.POP.2529.FE 
##         "numeric"         "integer"         "numeric"         "integer" 
## SP.POP.2529.FE.5Y    SP.POP.2529.MA SP.POP.2529.MA.5Y    SP.POP.3034.FE 
##         "numeric"         "integer"         "numeric"         "integer" 
## SP.POP.3034.FE.5Y    SP.POP.3034.MA SP.POP.3034.MA.5Y    SP.POP.3539.FE 
##         "numeric"         "integer"         "numeric"         "integer" 
## SP.POP.3539.FE.5Y    SP.POP.3539.MA SP.POP.3539.MA.5Y    SP.POP.4044.FE 
##         "numeric"         "integer"         "numeric"         "integer" 
## SP.POP.4044.FE.5Y    SP.POP.4044.MA SP.POP.4044.MA.5Y    SP.POP.4549.FE 
##         "numeric"         "integer"         "numeric"         "integer" 
## SP.POP.4549.FE.5Y    SP.POP.4549.MA SP.POP.4549.MA.5Y    SP.POP.5054.FE 
##         "numeric"         "integer"         "numeric"         "integer" 
## SP.POP.5054.FE.5Y    SP.POP.5054.MA SP.POP.5054.MA.5Y    SP.POP.5559.FE 
##         "numeric"         "integer"         "numeric"         "integer" 
## SP.POP.5559.FE.5Y    SP.POP.5559.MA SP.POP.5559.MA.5Y    SP.POP.6064.FE 
##         "numeric"         "integer"         "numeric"         "integer" 
## SP.POP.6064.FE.5Y    SP.POP.6064.MA SP.POP.6064.MA.5Y SP.POP.65UP.TO.ZS 
##         "numeric"         "integer"         "numeric"         "numeric" 
## SP.POP.65UP.FE.IN SP.POP.65UP.FE.ZS SP.POP.65UP.MA.IN SP.POP.65UP.MA.ZS 
##         "integer"         "numeric"         "integer"         "numeric" 
##    SP.POP.65UP.TO    SP.POP.6569.FE SP.POP.6569.FE.5Y    SP.POP.6569.MA 
##         "integer"         "integer"         "numeric"         "integer" 
## SP.POP.6569.MA.5Y    SP.POP.7074.FE SP.POP.7074.FE.5Y    SP.POP.7074.MA 
##         "numeric"         "integer"         "numeric"         "integer" 
## SP.POP.7074.MA.5Y    SP.POP.7579.FE SP.POP.7579.FE.5Y    SP.POP.7579.MA 
##         "numeric"         "integer"         "numeric"         "integer" 
## SP.POP.7579.MA.5Y    SP.POP.80UP.FE    SP.POP.80UP.MA SP.POP.80UP.MA.5Y 
##         "numeric"         "integer"         "integer"         "numeric" 
## SP.POP.80UP.FE.5Y       SP.POP.GROW SP.POP.TOTL.FE.IN SP.POP.TOTL.FE.ZS 
##         "numeric"         "numeric"         "numeric"         "numeric" 
## SP.POP.TOTL.MA.IN SP.POP.TOTL.MA.ZS       SP.POP.TOTL       SI.POV.NAHC 
##         "numeric"         "numeric"         "numeric"         "integer" 
##    SH.STA.OWGH.ZS SH.STA.OWGH.FE.ZS SH.STA.OWGH.MA.ZS    SH.SVR.WAST.ZS 
##         "numeric"         "numeric"         "numeric"         "numeric" 
## SH.SVR.WAST.FE.ZS SH.SVR.WAST.MA.ZS    SH.STA.WAST.ZS SH.STA.WAST.FE.ZS 
##         "numeric"         "numeric"         "numeric"         "numeric" 
## SH.STA.WAST.MA.ZS SE.PRM.CMPT.FE.ZS SE.PRM.CMPT.MA.ZS    SE.PRM.CMPT.ZS 
##         "numeric"         "numeric"         "numeric"         "numeric" 
##       SP.RUR.TOTL    SP.RUR.TOTL.ZS    SP.RUR.TOTL.ZG       SE.PRM.ENRR 
##         "numeric"         "numeric"         "numeric"         "numeric" 
##       SE.PRM.NENR    SE.PRM.ENRR.FE    SE.PRM.NENR.FE    SE.PRM.ENRR.MA 
##         "numeric"         "numeric"         "numeric"         "numeric" 
##    SE.PRM.NENR.MA       SE.SEC.ENRR       SE.SEC.NENR    SE.SEC.ENRR.FE 
##         "numeric"         "numeric"         "numeric"         "numeric" 
##    SE.SEC.NENR.FE    SE.SEC.ENRR.MA    SE.SEC.NENR.MA       SE.TER.ENRR 
##         "numeric"         "numeric"         "numeric"         "numeric" 
##    SE.TER.ENRR.FE SL.UEM.TOTL.FE.ZS SL.UEM.TOTL.MA.ZS    SL.UEM.TOTL.ZS 
##         "numeric"         "numeric"         "numeric"         "numeric" 
##       SP.UWT.TFRT       SP.URB.TOTL SP.URB.TOTL.IN.ZS       SP.URB.GROW 
##         "numeric"         "numeric"         "numeric"         "numeric"

which indicates that all columns are numeric (including integer) except for the first two. Sometimes, numeric variables (and more specifically integers) are used to code for factors but this is not the case in this dataset.

Univariate statistics

Numerical characteristics

The variable SP.RUR.TOTL.ZS is the ratio of population (%) in rural areas. The numerical characteristics for this variables are:

sum(is.na(hnp_data$SP.RUR.TOTL.ZS)) # number of missing values
## [1] 3
mean(hnp_data$SP.RUR.TOTL.ZS, na.rm = TRUE) # mean
## [1] 39.30523
median(hnp_data$SP.RUR.TOTL.ZS, na.rm = TRUE) # median
## [1] 38.121
min(hnp_data$SP.RUR.TOTL.ZS, na.rm = TRUE) # minimum
## [1] 0
max(hnp_data$SP.RUR.TOTL.ZS, na.rm = TRUE) # maximum
## [1] 86.75
# quartiles and min/max
quantile(hnp_data$SP.RUR.TOTL.ZS, probs = c(0, 0.25, 0.5, 0.75, 1),
         na.rm = TRUE)
##      0%     25%     50%     75%    100% 
##  0.0000 19.5815 38.1210 57.6340 86.7500

The option na.rm = TRUE must be used when you have missing values that you donโ€™t want to be taken into account for the computation (otherwise, most of these functions would return the value NA).

Exercise: How to interpret these values? More precisely, what do they say about the variable distribution?

Some of these values are also available with

summary(hnp_data$SP.RUR.TOTL.ZS)
##    Min. 1st Qu.  Median    Mean 3rd Qu.    Max.    NA's 
##    0.00   19.58   38.12   39.31   57.63   86.75       3

and can be computed for several columns at once with:

colMeans(hnp_data[ ,3:5], na.rm = TRUE)
##    SP.POP.DPND SP.POP.DPND.OL SP.POP.DPND.YG 
##       58.63381       14.03833       44.48563
apply(hnp_data[ ,3:5], 2, median, na.rm = TRUE)
##    SP.POP.DPND SP.POP.DPND.OL SP.POP.DPND.YG 
##       54.66260       10.62035       38.51829

Dispersion characteristics are obtained with:

var(hnp_data$SP.RUR.TOTL.ZS, na.rm = TRUE) # variance
## [1] 521.175
sd(hnp_data$SP.RUR.TOTL.ZS, na.rm = TRUE) # standard deviation
## [1] 22.82926
range(hnp_data$SP.RUR.TOTL.ZS, na.rm = TRUE) # range
## [1]  0.00 86.75
diff(range(hnp_data$SP.RUR.TOTL.ZS, na.rm = TRUE))
## [1] 86.75

Exercise: How would you compute the inter-quartile range (in just one line of code)?

##    75% 
## 43.375

Exercise: What is the coefficient of variation (CV) for this variable? How does it compare with the CV of SP.RUR.TOTL? Is it expected (and why)?

## [1] 0.5808198
## [1] 3.463223

Standard modifications of data include:

  • binarization:
hnp_data$cut1 <- cut(hnp_data$SP.RUR.TOTL.ZS, breaks = 5)
hnp_data$cut2 <- cut(hnp_data$SP.RUR.TOTL.ZS, breaks = 5, labels = FALSE)
table(hnp_data$cut1)
## 
## (-0.0867,17.4]    (17.4,34.7]    (34.7,52.1]    (52.1,69.4]    (69.4,86.8] 
##             47             68             61             51             28
table(hnp_data$cut2)
## 
##  1  2  3  4  5 
## 47 68 61 51 28
hnp_data$cut3 <- cut(hnp_data$SP.RUR.TOTL.ZS, breaks = c(0, 20, 40, 70, 100))
table(hnp_data$cut3)
## 
##   (0,20]  (20,40]  (40,70] (70,100] 
##       56       66       95       28

Exercise: What is the mode of cut3?

  • centering and scaling
hnp_data$scaled <- as.vector(scale(hnp_data$SP.RUR.TOTL))
summary(hnp_data$scaled)
##    Min. 1st Qu.  Median    Mean 3rd Qu.    Max.    NA's 
## -0.2887 -0.2878 -0.2803  0.0000 -0.2417  7.9674       3

Exercise: SH.STA.DIAB.ZS is the diabete prevalence. Compared to the rest of the world, does France has a higher position for its number of people in rural areas or for its number of diabetes?

##         scaled    scaled2
## 111 -0.2573116 -0.8108099

Charts

Before we start, a short note on color palettes:

display.brewer.all()